クリニックの税務調査どうする？医療機関、医療法人での注意点と対策

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税務調査とは、法人や個人が正しく納税を行っているかを調べる税務署による調査です。クリニックなどの医療機関も、法人化しているか個人事業主としての運営であるかどうかにかかわらず、税務調査の対象となります。
税務調査が行われるときには、事前通知が行われることが一般的です。もし、税務署から税務調査の連絡が入った場合はどのように対応すればよいのでしょうか。
今回は、クリニックの税務調査時の注意点や対策についてご説明します。
もし、すでに税務調査が入っており、対応に困っているお客様は初回電話相談無料にて、いますぐ相談予約をください。
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クリニックに税務調査が入った場合の流れ

クリニックの税務調査は、原則として次のような流れで行われます。調査の結果、申告内容に問題がなければ、そのまま調査は終了しますが、問題が指摘された場合には修正申告が求められ、不足分の税金を納めなければなりません。

税務署から事前通知が入る

まず、税務署から電話によって、税務調査を行う旨の連絡が入ります。用意しておくべき書類などの指示もありますので、事前に書類をそろえておきましょう。
また、事前通知では、税務調査の日時についての相談も行われます。もし、業務上の理由などで都合がつかない場合には日程の調整をしてもらえます。

実地調査が行われる

税務調査当日になると調査官が訪れ、調査が開始されます。まず、クリニックや医療機関の現状についてのヒアリングが行われます。患者の層や患者の数、診療の内容などを説明できるようにしておきましょう。
また、各種帳簿や領収書、請求書などのチェックが行われます。調査期間は2日ほどの数日です。実地調査後も税務署から質問や指摘が行われることもあり、その場合は必要な資料などを用意したり、指摘に対する回答を行ったりしなければなりません。

税務署から調査結果の報告が行われる

税務調査の結果が決定するまでは、１か月ほどの時間がかかります。調査が終了すると、税務署からその結果についての報告が行われます。確定申告の内容に何も問題がなかった場合は、特に対応すべきことはありません。しかし、税務署から問題を指摘された場合は、修正申告書を作成して不足分の税金を納税しなければなりません。

税務調査が入りやすいクリニック（医療機関・医療法人）とは

税務調査は、税金を納める義務のあるすべての個人と法人が対象になるため、どのクリニックや医療機関でも税務調査が入る可能性はあります。しかしながら、税務調査の対象となる可能性の高いクリニックや医療機関、医療法人もあります。
ここでは、税務調査が入りやすいクリニック、医療機関、医療法人についてご説明します。

クリニックを開業してから３、４年が経っている

クリニックを開業してすぐの時期は、設備投資や集客にかかる費用が必要となるため、なかなか利益を高めることは難しいでしょう。しかし、開業してから３年から４年程度が経過するころには、地域での認知度も高まって患者数も増え、利益が増え始めるはずです。また、開業から２年間は原則として消費税の納税が免除されますが、３年目からは課税事業者になる可能性があります。
これらの理由から、タイミング的に開業から３、４年目のクリニックは税務調査の対象となる可能性が高いと言えます。

最後の税務調査からかなりの年数が経過している

クリニックや医療機関の経営者の中には、税務調査を受けた経験があるから、もう調査対象になることはないのでは、と考えている方もいらっしゃるかもしれません。しかし、税務調査は一度調査を受けたらその後の調査の対象から外れるものではないため、納税者である限り、再び調査対象となる可能性があります。
最後に税務調査が入ってから何年も経過しているような場合も、税務調査の対象となりうるでしょう。

確定申告の内容に問題があるとの疑いをもたれた

多額の経費が計上されているクリニックや数年にわたって赤字が続いている医療機関、売上額を毎年900万円台で申告している医療法人などは、税務署のチェックによって申告内容に問題があるという疑いをもたれる可能性があります。
赤字が続いているようであれば事業の継続は難しいはずです。しかし、何年も続けて赤字の申告をしている場合は事業の実態を調査される可能性があります。また、同業他社の経費に比べて、明らかに多い経費が計上されている場合は、私的な費用を経費に計上しているのではと疑われるでしょう。
確定申告の内容に不審な点が見られる場合も、税務調査の対象になる確率が高くなります。
上記のような税務調査に入りやすい状況になっており、一度税務調査専門の税理士に相談してみたいというお客様は初回電話相談無料をご活用ください。

クリニックの税務調査で指摘されやすい事項

クリニックの税務調査では、次のような点が指摘されやすくなっています。

自由診療（自費診療）を正しく計上しているか

保険診療の場合は、保険点数からチェックしやすいですが、自由診療の場合は申告漏れや過少申告を行っているケースがあります。特に、クリニックでは現金取引が多いため計上漏れが生じやすく、自由診療の収入については厳しくチェックされる傾向にあります。

自賠責保険診療による収入を正しく申告しているか

自賠責保険診療による診療費は、患者が窓口で支払いを行うのではなく、治療終了時に損害保険会社から支払われます。入金先を個別に指定できるため、クリニックの中には事業用口座ではなく、別の口座に入金を指定して自賠責保険診療分の収入を隠蔽するケースもあります。そのため、自賠責保険診療の収入も、税務調査では指摘されやすい事項です。

売上計上時期が正しいか

売上は診療を行った日に計上しなければなりません。したがって、クレジットカードなどで治療費が支払われた場合も、売上の計上日は実際の入金日ではなく、診療をした日に計上します。また、休日や夜間診療の報酬が発生した場合や行政の検診などによる収入も、正しく未収金処理をしておくようにしましょう。

医薬品や医療材料の在庫が正しく計上されているか

クリニックでは、診療時に使用する医薬品や医療材料の架空発注や、水増しなどの不正計上が見られることがあります。棚卸資産の計上が正しくなされているかどうかも、税務調査では厳しくチェックされるでしょう。

医療機関・医療法人の税務調査は信頼できる税理士に相談を

税務調査では、帳簿を細かくチェックされ、売上や経費の計上についての指摘が行われます。日々、診療で忙しくされている中、税務調査の準備を進めることは簡単なことではありません。また、税務調査当日も調査官は専門用語を多用した質問を行います。その回答次第では、調査官に意図的な不正を行っているという印象を与えてしまうリスクもあります。
税務調査では事前の準備が重要です。信頼できる税理士に対応を依頼すれば、事前の準備はもちろん、調査当日も立ち会ってもらうことができます。もし、調査官から質問や指摘を受けた場合もその場で税理士がサポートしてくれるため、精神的な負担も軽減できるはずです。

まとめ

税務調査の対象となりやすいクリニックや医療機関、税務調査で指摘されやすい事項などをご紹介しました。
税理士法人松本は、国税OBも所属する税理士法人です。医療機関からの税務調査の経験も豊富にあり、クリニックや医療機関の税務調査ならではの注意点にも精通しています。
税務調査の通知を受けた、税務調査に不安があるという場合は、ぜひ、クリニックや医療機関の税務調査対応経験の豊富な税理士法人松本にご相談ください。初回の相談は、無料で承っております。