電子帳簿保存法が税務調査に与える影響とは？

法人も個人事業主も、電子帳簿保存法（電帳法）により帳簿書類の電子化への対応が必要になります。まだ具体的な対策を取っていないという方も多いのではないでしょうか。
これまで法律で保存の義務が課されている帳簿や書類は、インターネット上でやり取りしたものでも、紙で保存するのが原則でしたが、電子帳簿保存法が施行され、電子データで保存しなければならなくなりました。「紙」から「電子データ」へと、180度の方向転換が図られたわけです。
電子帳簿保存法もまだよくわかっていない方も多くいらっしゃると思いますので、ここでは、電子帳簿保存法の説明から電帳法が税務調査に与える影響についてわかりやすく説明しますので、参考にしてください。

そもそも電子帳簿保存法はどのような制度か？

電子帳簿保存法は、それぞれの税法で保存が義務付けられている帳簿や書類を電子データで保存するためのルール等を定めた法律になります。
電子帳簿保存法により税法上保存が必要な「帳簿」や「領収書･請求書･決算書など（国税関係書類）」を、紙ではなく電子データで保存することが義務化され、形式ごとに異なるデータの保存方法が定められています。
主な保存方法は、①電子帳簿等保存、②スキャナ保存、③電子取引データ保存の3つに区分されます。具体的には以下になります。

①電子帳簿等保存【希望者のみ】

最初から一貫してパソコンなどで作成している帳簿や国税関係書類は、プリントアウトして保存するのではなく、電子データのまま保存することができます。例えば、会計ソフトで作成している仕訳帳やパソコンで作成した請求書の控え等が対象です。

②スキャナ保存【希望者のみ】

決算関係書類を除く取引先から受領した紙の領収書・請求書（国税関係書類）などは、その書類自体を保存する代わりに、スキャナ（スマホ）で読み取った電子データを保存することができます。

③電子取引データ保存【法人・個人事業者は対応が必要】

法人税・所得税の申告に関して帳簿書類の保存義務が課されている注文書･契約書･送り状･領収書･見積書･請求書などに相当する電子データをやりとりした場合には、その電子データ（電子取引データ）を保存しなければなりません。

参考：国税庁（電子帳簿保存法の内容が改正されました ）

「①電子帳簿等保存」「②スキャナ保存」は希望者のみの対応ですが、メール添付されたPDFの請求書、メールに記載されたURLからダウンロードした請求書などは「③電子取引データ」に該当するため、書類を電子データのまま保存することが必要になります。

電帳法の要件を満たしていないと青色申告取消し？！

2023年12月31日までは、電子取引データについては従来どおりプリントアウトして紙で保存しておくことが認められていましたが、2024年1月以降は、電子取引データで受領している書類を紙で保存していた場合、電帳法の要件を満たしていないことになります。電帳法の要件を満たしていない場合、青色申告取消しの可能性もあるのです。

国税庁が公表している電子帳簿保存法一問一答で青色申告取消の可能性について以下記載があります。

Q.電子取引の取引情報に係る電磁的記録について保存要件を満たして保存できないため、全て書面等に出力して保存していますが、これでは保存義務を果たしていることにはならないため青色申告の承認が取り消されてしまうのでしょうか。また、その電磁的記録や書面等は税務調査においてどのように取り扱われるのでしょうか。

A.令和４年１月１日以後に行う電子取引の取引情報に係る電磁的記録については、その電磁的記録を出力した書面等による保存をもって、当該電磁的記録の保存に代えることはできません。 したがって、災害等による事情がなく、その電磁的記録が保存要件に従って保存されていない場合は、青色申告の承認の取消対象となり得ます。 なお、青色申告の承認の取消しについては、違反の程度等を総合勘案の上、真に青色申告書を提出するにふさわしくないと認められるかどうか等を検討した上、その適用を判断しています。 また、その電磁的記録を要件に従って保存していない場合やその電磁的記録を出力した書面等を保存している場合については、その電磁的記録や書面等は、国税関係書類以外の書類とみなされません。 ただし、その申告内容の適正性については、税務調査において、納税者からの追加的な説明や資料提出、取引先の情報等を総合勘案して確認することとなります。

参考：国税庁（電子帳簿保存法一問一答）

さらに、国税庁の事務運営指針（法人の青色申告の承認の取消しについて）も改正されており、電子取引データ保存の要件に従っていない場合、税務調査で調査官が帳簿書類の提示を求めたにもかかわらず、その提示を拒否した場合には、青色申告の承認の取消事由に該当することになると記載されています。

（取消事由の該当条項）
(1)　法第127条第1項第1号に規定する帳簿書類の備付け、記録又は保存（以下「帳簿書類の備付け等」という。)とは、単に物理的に帳簿書類が存在することのみを意味するにとどまらず、これを税務職員に提示することを含むものである。したがって、税務調査に当たり帳簿書類の提示を求めたにもかかわらず調査対象者である法人がその提示を拒否した場合には、当該拒否は同号に規定する青色申告の承認の取消事由に該当することになり、その提示がされなかった事業年度のうち最も古い事業年度以後の事業年度について、その承認を取り消す。なお、帳簿書類の提示がない場合には、青色申告の承認の取消事由に該当する旨を告げて、帳簿書類を提示して調査に応ずるよう再三再四その説得に努める。
この場合、調査対象者に対する説明等の応答の経過は、詳細に記録しておくことに留意する。

参考：国税庁（法人の青色申告の承認の取消しについて）

以上の状況を鑑みると、税務調査で、電子取引データの保存に不備があった場合、青色申告承認の取消しを交渉材料として使われ、否認項目の交渉が会社や個人事業主にとって不利になるというケースが出てくる可能性があります。
税務調査で保存要件を満たさない等の法令に従っていないような状況・弱みを握られないように電子帳簿保存法に限らず、整えておくことが重要です。

税務調査では調査官に帳簿書類提示が必要

調査官は税務調査時に保存された電子取引データを調査する必要があるため、これを調査官に提示することが含まれます。
税務調査で調査官から帳簿書類の提示を求められたにもかかわらず、会社がその提示を拒否した場合には、青色申告の承認の取消事由に該当することになると事務運営指針に記載されています。
さらに、青色申告の承認取消処分後、会社から帳簿書類を提示したとしても、青色申告の承認取消処分は有効となるとの記載もあります。
今後、税務調査でどのように電帳法が運用されていくのか注視していく必要があります。

まとめ

電子帳簿保存法は、一定の保存要件が定められているために、非常に経理負荷がかかる改正です。電子取引の範囲も広く、例えば、電子メールの本⽂・添付ファイルで請求書に相当する情報をやりとりした場合や、ネットショッピングで購入した備品などの領収書に相当する情報がサイト上でのみ表示される場合には、それぞれの電子データを保存する必要があります。
2024年1月以降の電子帳簿保存法が本格運用されますが、税務調査で電子取引データの保存の不備について、どの程度問題視されるのかインボイス制度同様に未知数なことが多いため、注視していく必要があります。
また、税務調査で調査官の求めに応じて書類を提示しなければならず、電子保存の不備が生じた場合、税務調査で交渉材料に使われる可能性も否定できません。
このまま対策せずにやり過ごすこともできませんので、電子帳簿保存法について詳しく知りたい方は税理士法人松本までお気軽にご相談ください。