税務調査の「是認」って？結果がわかる時期やその後の流れを解説

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「税務調査で是認になった」「是認通知が来た」といった話を聞くことがあります。税務調査における「是認」とは、どのようなことをさすのでしょうか。税務調査の結果がわかる時期や、その後の流れ、是認になった後どうなるのかなども気になるところです。

この記事では、税務調査の「是認」や「是認通知」とは何か、税務調査の流れや結果がわかる時期、是認後の流れなどについてわかりやすく解説していきます。税務調査や是認に関して持たれがちな疑問についてもFAQ形式でご紹介していますので、税務調査の基礎知識として参考にしてください。

 

税務調査の「是認」とは

まずは、税務調査の是認とは何かについて見ていきましょう。

 

税務調査において申告内容に問題が見つからなかったこと

税務調査における「是認」とは、税務調査を行った結果、申告した内容について特に問題が見つからなかったことをさし「申告是認」と呼ばれることもあります。

税務調査というと、店舗や事務所などに税務署の調査官が訪れて帳簿や請求書、領収書などを調べ、申告内容の不備を指摘されて修正申告となるのが一般的な流れと思われがちです。しかし、税務調査になったからといって、必ずしも修正申告しなければならない訳ではありません。

調査の結果、特に間違いや問題がなければ「是認」や「申告是認」と判断されるケースもあるのです。

 

「是認」と「是認通知書」の違い

税務調査で是認となるケースには、税務調査当日に是認とされる場合と、後日是認とされる場合とに大きく分けることができます。

実地調査は多くの場合1～2日程度かかります。その間に不備や論点などが発見された場合、その場で指摘を受けるのが一般的です。

実地調査が終わった段階で特に申告内容について問題がないと判断された場合も、調査官から口頭でその旨が伝えられることとなります。

調査中に不備や論点が指摘された場合でも、調査後に税務署内で更に検討を行い、問題がないと判断された際には、後日税務署から電話などで是認であった旨の通知が行われる場合もあります。

どちらのケースでも、口頭や電話による是認の通知を受けた後に、税務署から書面による通知が送付されます。この書面は一般的に「是認通知書」と呼ばれるものです。

 

是認通知書はいつ頃届くの？

税務調査で是認となった場合、是認通知書が届くまでにかかる期間は1週間～数か月と開きがあります。一般的な任意調査で、取引の規模も大きくない場合には比較的短期間で是認通知が送られてきますが、税務署内での手続き完了に時間がかかる場合には、数か月ほど要するケースもあるようです。

 

是認通知書が届かないケースはある？

是認通知書は「更正決定等をすべきと認められない旨の通知」という書類で、是認となった場合、税務署は納税義務者に対して書面でその旨の通知を行うことが法律によってさだめられています（国税通則法第74条11）。

これは2011年の法改正によって、2013年1月以降の税務調査から適用されるようになったものです。そのため、通常であれば、少し時間がかかったとしても是認となった場合には必ず通知書が送付されてくるものと考えられます。

しかし、是認となった場合であっても、稀にその後の調査で問題が発見された場合には、修正申告が必要となる可能性もあります。

例えば「申告内容に問題はあるものの、修正申告や更正等の決定は行わない」と判断された場合には、実質是認の状態であっても書面が届かない、といったケースもないとはいえません。

是認通知書が届くか不安な場合は、一度税務調査に強い税理士などへ相談してみることをおすすめします。

 

税務調査後の流れや結果の種類

税務調査が終わった後の流れや、調査結果の種類について解説します。

 

税務調査が終わった後の大まかな流れ

一般的な任意調査では、店舗や事務所などへ調査官の訪問を受けて調査を受けることとなり、実地の調査にかかる一般的な期間は1～2日程度となることが多いようです。大きな会社の場合は、3日以上かかるケースもあります。実地調査が終わった後も、税務署では引き続き書類のチェックなどが行われ、後日電話などで更に質問を受けるケースも珍しくありません。

特に実地調査で指摘を受けた場合や、会社の規模が大きい場合には、最終的に調査が完了となるまでに数週間から数か月程かかる場合もあります。

 

税務調査の結果は3種類

税務調査の結果には、以下3つの種類に分けられます。

 

・是認

申告内容について問題が見つからず、更正決定等をすべきと認められない場合に「是認」「申告是認」などとされます。申告内容において、修正申告や更正等の決定をすべき点が認められなかった、という意味となり、税務調査による追徴課税などは発生せず、特に行うべき手続きもありません。

 

・修正申告

税務調査で問題が見つかり、自主的に修正申告を行うケースです。税務調査で指摘を受けた点に納得し、税務署の指摘通りの内容に修正して申告を行います。既に申告済みの内容を期限後に修正するため、修正したことによって発生する税金の差額や延滞税、ケースに応じて追徴課税などを納付することとなります。

また、税務調査が入る前の段階で、納税者自身が間違いに気づいて修正申告を行う場合もあります。

 

・更正

税務調査で問題が見つかり、自主的な修正申告が行われなかった場合に、税務署が税法等の規定に基づいて行う課税処分のことをさします。

税務調査の結果に納得がいかない場合は修正申告を行わず、更正処分の決定後に異議申し立てを行うケースなどもあります。

 

なお、税務調査で是認となる割合は全体の2割程度といわれており、多くの場合は何らかの指摘を受けて修正申告するか、更正処分を受けることとなります。

 

税務調査に関する疑問をFAQで解消！

税務調査や申告是認等に関する疑問が解消できるFAQを以下にピックアップしてみました。

 

税務調査では是認になるケースは少ないの？

2024年11月に国税庁が発表した「令和5事務年度 所得税及び消費税調査等の状況」によると、2023年度に実施された実地調査の件数は47,528件で、その内40,131件から申告漏れなどの非違があったことがわかっています。法人税では、約59,000件の調査に対して約45,000件の非違がありました。

是認となった件数などについては公表されていないため、正確な数字を知ることはできません。しかし、上記のデータを基にして税務調査で非違がなかった件数、いわゆる是認であるとされる件数を計算すると、所得税で約15％、法人税では約23％程度であることがわかります。

実地調査で是認となるケースは全体の2割程度といわれており、実際の数字も近しいものであるといえるでしょう。

 

参照：国税庁

「令和5事務年度 所得税及び消費税調査等の状況」

https://www.nta.go.jp/information/release/kokuzeicho/2024/shotoku_shohi/pdf/shotoku_shohi.pdf

 

「令和5事務年度 法人税等の調査事績の概要」

https://www.nta.go.jp/information/release/kokuzeicho/2024/hojin_chosa/pdf/01.pdf

 

税務調査では是認になるケースが少ないのはなぜ？

税務調査で非違が見つかるよりも申告是認となるケースが少ない理由としては、以下のような点が挙げられます。

 

・些細な見落としや間違いが調査で発覚する

調査官は税務調査について、納税者よりも深い知識を持っています。どの部分に間違いが起きやすいか、見落としやすい点が多いかを熟知しているため「こんなことが」と思うような申告漏れや過少申告について指摘を受けやすいのです。

税務調査は、納税者を正しい申告と納税へ導く目的もあります。故意に脱税をするなど、悪質なケースもゼロではないため、問題ないと思われるような申告内容でも問題視され、指摘される可能性があります。

 

・申告漏れなどがあると見込まれる納税者が調査対象となりやすい

税務調査で訪問を受ける前に、税務署ではある程度事前に不明な点や疑わしい点について、税務署内で調査を行った上で実地調査に臨んでいます。

適正な申告、納税を行っている場合でも税務調査の対象となるケースはありますが、申告漏れや所得隠しなどが疑われる納税者や、非違が見つかりやすい業種に従事している事業者などは調査対象となりやすく、調査で問題が見つかるケースも多いのです。

 

・税理士の同席などがなく、納税者だけで対応した結果指摘を受ける

税務調査で是認となるためには、税法上の観点から毅然と交渉し、問題がないことを調査官へ説明できることが重要となります。

税務調査に強い税理士の同席などがない場合、経営者や個人事業主だけで対応すると修正申告となるケースは多いでしょう。

 

申告是認にも種類がある？

税務調査で是認となるケースも、実は大きく2つに分けることができます。1つは調査の結果まったく問題がなく、修正申告する必要がないパターン、もう1つは問題点はあるものの、修正申告するまでには至らないと判断されるパターンです。

問題点はあるが修正申告するほどではない場合「指導に留める」とされることがあります。この場合、厳密には是認ではないが、特に何かする必要もないため、事実上是認と同じ扱いという状態になります。

 

是認通知が来ても再調査されることはある？

税務調査の結果是認であると判断された場合、税務署から口頭に加え、書面で是認通知書（更正決定等をすべきと認められない旨の通知）が送付されます。この書面には是認となった期間についても示されるため、是認通知書に記載された期間について再調査を受けることは基本的にありません。

問題点はあるが修正申告するまでには至らないと判断されるケースについても、税務調査を受けた期間については再調査となるケースは少ないですが、稀に後日税務署内の調査で問題点が見つかった場合には、再調査の対象とされることもあるため注意が必要です。

また、是認となった場合でも、数年後に別の期間について税務調査の対象となる場合はあります。

一般的に、ミスや間違いの数や修正申告の額が大きいような場合には、短期間に再度税務調査の対象とされる可能性は高まります。税務調査で是認となれば、問題が見つかった場合よりも調査対象とされにくくなる可能性は高いでしょう。

 

税務調査で追徴課税されたくない場合はどうすればいい？

税務調査で修正申告や更正処分となれば、追徴課税の対象となるのが一般的です。税務調査でペナルティを受けたくない場合は、日頃から適正な申告と納税を行うことに加え、税務調査時に税理士のサポートを受けることが大切となります。

税理士へ対応を依頼すると、報酬が発生するために自身で対応しようと考えがちですが、税理士への報酬を遥かに上回る追徴課税の可能性もゼロではありません。

税務調査について不安な場合は、一度無料相談などを利用して問い合わせてみることをおすすめします。

 

税務調査の追徴課税について不安な場合は税理士法人松本へ

「税務調査で多額の追徴課税が出ないか不安」「調査官に対応できる自信がない」といったお悩みがある場合は、税理士法人松本へ一度ご相談ください。

税理士法人松本には、国税OBや元税務署長の税理士が10名以上在籍しており、税務調査対応はもちろん、過去の無申告状態についても対応可能です。

一般的な税理士事務所では、税務調査のみの対応や顧問契約のない依頼、期限後の申告サポートなどはあまりいい顔をされないケースも少なくありません。

既に顧問税理士がいる場合のセカンドオピニオンや、税務調査に入る連絡を受けた後の相談にも対応可能です。

全国どこでも、ご相談予約はフリーダイヤルまたは専用フォーム、LINEにて受け付けていますので、お気軽にお問い合わせください。

 

まとめ

一般的な税務調査では、調査官から過去の申告内容について指摘を受け、修正申告や更正処分となることが多いものです。しかし、調査の結果特段問題が見つからなかった場合には「是認」や「申告是認」となり、修正申告や追徴課税が発生しないケースもあります。

是認となるケースは税務調査全体のおよそ2割程度とされていますが、日頃から適正な申告と納税を心がけ、税務調査時には税理士のサポートを受けることで、是認となる可能性は決して少なくありません。1人で不安を抱える前に、専門家へ相談するなどして早めに対応策をとるようにしましょう。

 

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