税務調査が入った後に修正申告手続きを行う流れについてわかりやすく解説

税務調査が入った後、適正な申告ではないと税務署に判断されると修正申告を行うこととなります。その際、どのような流れで手続きを行うのか、気になる人も多いのではないでしょうか。
ここでは、税務調査が入った後に修正申告を行う流れについて、わかりやすく解説しています。ペナルティが軽くなる修正申告の方法についても紹介していますので、税務調査と修正申告について知りたい際の参考にしてください。税務調査の連絡が税務署よりきて、不安を抱えている方は税理士法人松本までお気軽にご相談ください。

税務調査から修正申告までの流れ

まずは、税務調査が入ってから修正申告手続きとなるまでの一般的な流れについて見ていきましょう。

任意調査の場合は事前に日時が連絡される

税務署が行う税務調査は、多くの場合事前に連絡を受けて調査が行われるかたちです。こうした税務調査は「任意調査」と呼ばれており、実際に訪問を受けるまでの間、数日から1週間程度の猶予があることが多いでしょう。
こうした連絡は税務調査手続きの「事前通知」と呼ばれており、以下の点について通知されます。
・調査が開始される日時
・調査を受ける場所（会社の事務所など）
・調べる税目（所得税、消費税、相続税など）
・調査期間
また、入院や事故など、やむを得ないと思われる理由がある場合には、通知された日時の変更を依頼することも可能です。
この時、代理権限証書を出している税理士がいる場合は、その税理士に案内が行きます。
ただし、事前通知はいつでも必ず行われるわけではなく、税務署が事前通知を行うことで証拠を隠される、または調査に支障が及ぶと判断した場合は、事前通知を行わずに無予告で税務調査が実施されるケースもあります。
事前通知を受けるまでの間や、事前通知後に実地に調査を受けるまでの間にも、税務署内で調査できる点については調査が進められる場合もあります。

税務調査当日の流れ

調査当日は、税務署の職員が2～3名ほどで事務所を訪れます。調査を開始する前には、税務調査の質問検査章と身分証明書が提示され、調査官の身分が明確にされるのが一般的です。
この時に、質問に対して虚偽の返答をすることや、調査を妨害する行為などはしないよう求められます。虚偽の返答や閲覧を求められた帳簿、データなどの提出を拒絶した場合、懲罰の対象となる可能性があるので注意しましょう。
調査時間は通常午前10時から午後16時前後の間で、お昼休憩も挟みながら行われることが多いでしょう。

税務調査完了後から修正申告までの流れ

調査期間終了後も、必要に応じて書類やデータを税務署へ持ち帰ったり、取引先への事実確認などが行われたりする場合もあります。
いずれの場合も、事業に関連する内容であれば、拒絶せずに協力しなければなりません。
調査期間終了後、1週間ほどで調査結果の内容が説明されます。
申告内容について誤りがあると判断された場合や、申告が必要であったにも関わらず無申告であった場合には、修正申告や申告を求められることとなるでしょう。
なお、修正申告した場合に再調査を求めることはできませんが、更生の請求ができることは併せて説明を受け、書面でも提示され、署名押印を求められます。
ここで修正申告に応じない場合、税務署長が更生または決定の処分を行うこととなり、その旨が後日調査対象者へ通知されることとなります。

税務調査後に修正申告をするタイミングは？

上記で説明したように、税務調査手続きの流れとしては、すべての調査が終わった後に修正申告することとなります。
しかし、税務調査が行われる前に、自主的に修正申告することも可能です。自主的に修正申告を行うと、以下のようなメリットを得ることが可能です。

追徴課税が軽減される可能性がある

税務調査で誤りや無申告を指摘されて修正申告した場合、過少申告加算税や無申告加算税などの追徴課税が、高い税率で加算されてしまいます。
追徴課税は、申告の誤りや無申告に対する懲罰的な要素を含んでいます。そのため、調査で指摘を受ける前に、自主的にチェックして間違いを見つけて修正した場合には、減免されるケースが多いのです。
申告期限が過ぎ、税金を納めた後であっても修正申告はできるため、税務調査が入る前に気づいて修正する方が、ペナルティを少なくできるでしょう。

事前通知後の自主申告も認められる

税務調査は、実地の調査で訪問を受ける前に、事前通知があります。この事前通知を受けてから、実際に税務調査が行われるまでの間に、自主的に修正箇所を発見して修正申告することも可能です。
修正申告は、いつの時点であっても申告することが認められており、事前通知直後のタイミングでも問題ありません。

修正申告は税理士へ確認して進めるのがおすすめ

代理権限証書を提出している税理士がいる場合には、税務調査の事前通知を税理士も受けているため、調査前の自主申告についてアドバイスがもらえるでしょう。
もし顧問税理士がおらず、事前通知を受けてから慌てて自主申告をしたい場合には、税務調査への対応に明るい税理士事務所へ相談することをおすすめします。

税務調査への同席や交渉の依頼も可能

税務調査や修正申告、無申告の対応実績が多い税理士の場合、修正申告や無申告からの申告などはもちろん、税務調査への同席や、質問に対する返答などにも対応してもらうことが可能です。
実際にやましいことはないはずなのに、調査の雰囲気に飲まれて虚偽の申告を認めるような態度を取るのはおすすめしません。
税務署でも疑いのレベルで、脱税を確信しているわけではない場合や、しっかりと説明できる場合には、はっきりと主張することが大切です。
税務署への対応や、税務調査で問題となるポイントを知っている税理士のサポートがあれば、むやみに怖がることなく税務調査を受けられるでしょう。

まとめ

税務調査は、事前通知から実際に調査を受けたのち、資料やデータを確認しながら質疑応答を経て、調査結果で申告内容に関する誤りなどの説明とともに、修正申告を求められるのが一般的な流れとなります。
ただし、必ず調査で指摘を受けてから修正申告する流れを取る必要はなく、調査前に誤りが見つかった場合には、自主的に修正申告することもできます。自主申告で修正した方がペナルティも軽くできるため、税理士へ相談しながら、しっかりと対応していきましょう。