税務調査が終了するタイミングは？同意書の提出理由も解説！

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税務調査が入った場合、終了の手続きに同意書を提出する必要はあるのでしょうか。それはどのタイミングなのか、同意書の作成は誰がするのかなど、よくわからない方もいることでしょう。

この記事では、税務調査の流れや終了するタイミング、調査終了の際に提出する同意書の概要などについてわかりやすく解説しています。税務調査に税理士を入れるべきか迷った際の参考としても役立つ内容となっています。

 

税務調査の種類と一般的な流れ

まずは、税務調査の種類と一般的な流れについて見ていきましょう。

 

税務調査の種類

税務調査にはさまざまな種類がありますが、強制調査と任意調査の2つに大きく分けることができます。

強制調査は国税庁の査察部、いわゆる「マルサ」による調査のことをさします。スーツを着た多数の査察官がオフィスや経営者の自宅へ乗り込み、パソコンや多数の段ボールに入った資料を押収する、といったドラマやニュースなどで見かけるのは、強制調査のシーンであることが多いでしょう。

一方、任意調査は税務署の調査官が担当する税務調査です。税務調査に訪れることについて事前に連絡があり、調査当日も1～2名、多くても3名ほどで調査にあたり、資料の確認などもその都度納税者の同意を得て進められます。

任意調査にも抜き打ち的に実施する無予告調査や、税務調査を受けた企業の取引先を調べる反面調査などの種類がありますが、一般的な法人や個人事業主に実施されるのは「一般調査」であることが多いでしょう。

任意調査の内、納税者の事務所や店舗などに税務署の調査官が訪れて質問や書類の確認などを行う税務調査は「実地調査」と呼ばれ、事前通知を受けて日程調整を行い実施される調査は「一般調査」と呼ばれます。

任意調査の中でも、流れや対処法が気になるのは一般調査であるケースが多いため、ここでは一般調査をメインに税務調査の解説をしていきます。

 

税務調査の流れ

税務調査の一般的な流れは以下のようになります。

1. 事前通知を受ける

一般的な税務調査の場合、調査予定日よりも前に税務署などから事前通知を受けます。どのくらい前に連絡があるかは公表されていませんが、税務調査を受けるにあたって、納税者が十分に準備できる期間をとることとされているようで、調査当日の2週間ほど前に連絡があるケースが多いとされています。

 

2. 日程調整を行う

強制調査は事前の通知なく強制的に調査が行われますが、任意調査では日程を調整することも可能です。落ち着いて調査が受けられる日を選んで調整するようにします。

 

3. 書類や資料の準備をする

日程が決まったら、調査当日に確認されそうな書類や資料を揃えて準備をします。

 

4. 調査当日を迎える

税務調査にかかる日数は短い場合は1日、一般的には2日、長い場合には3日といわれています。申告内容に関する質問や帳簿、書類の確認などが行われ、指摘を受けたり、修正申告を打診されたりすることもあります。

 

5. 調査結果通知送付

訪問による調査が終わった後も引き続き税務署内で調査が続き、多くの場合は数日から1週間程度で結果通知が送付されます。調査量が多い場合や、指摘事項が多い場合には、調査結果の通知までに1～数か月ほどかかるケースもあるようです。

税務調査の結果は「申告是認」「修正申告」「更正」の3つに大きく分けることができます。申告是認は税務調査で指摘するべき点がなかった時に通知される結果です。

指摘するべき点があった場合、指摘事項に納得して修正申告することとなりますが、納得がいかない場合は不服申し立てや再調査の依頼をすることも可能です。

修正申告をしないでいると、税務署から指摘事項について記載した「更正通知書」が送られてきます。

訪問による任意調査が入った場合、申告是認通知や更正通知書の送付となるケースは多くはなく、修正申告を打診されるケースが多いようです。

 

税理士が対応する場合の税務調査の流れ

上記で挙げた税務調査の流れは、税理士が対応することでほとんどの交渉を税理士に任せることができます。最初の事前通知についても、税務代理人となる税理士がいる場合は税理士に連絡が入ります。日程調整も税理士を通じて調整することが可能で、調査当日までに必要な書類の準備や、質問されそうな内容に関するアドバイスなども受けることが可能です。

調査当日も税理士の同席が認められており、税務署との交渉や説明などのサポートを任せることができます。

 

税務調査が終了するタイミングと同意書とは

税務調査が終了するタイミングと、終了時に提出する同意書とは何かについて見ていきましょう。

 

税務調査が終了するタイミングは3つ

一般的な任意調査で事務所や店舗、倉庫などへ調査官の訪問を受けた際、訪問による調査は1～2日で終了します。ただし、訪問による実地の調査が完了した後も、税務署内で引き続き調査が続けられ、後日電話で新たな質問を受けることも珍しくありません。

検査用に一部の書類や資料を税務署内に一時的に持ち帰って調査されることもあります。調査が完了して最終的な結果が出た場合、税務署から結果に関する通知が送付されます。送付された通知の内容に問題がない場合は、通知を受け取ったタイミングで税務調査は終了します。

税務調査終了のタイミングとしては

・結果の通知が出される場合

・税務署からの修正申告の打診に応じて修正申告した場合

・修正申告の打診に応じず、更正の請求等を行う場合

の3パターンに大きく分けられるでしょう。

 

税務調査終了の際に提出する同意書とは

税務調査終了の際に提出する同意書とは「調査の終了の際の手続きに関する同意書」のことをさします。税務調査では、実地の調査が行われる前の事前通知や調査後の結果通知について、納税者ではなく税理士へ連絡がいくよう税務署へ依頼することができるのです。

事前通知を税理士が受けるようにしたい場合は「税務代理権限証書」を税務署へ提出する必要があります。税務代理権限証書は単体でも提出できるほか、確定申告の際に申告書類に添えて提出することも可能です。

税務調査後の結果を税理士が受け取れるようにしたい場合は「調査の終了の際の手続きに関する同意書」を税務署へ提出します。

なお、令和6年4月1日以降に提出する税務代理権限証書には「調査の終了の際の手続きに関する同意」の欄が設けられることとなったため、税務代理権限証書の提出だけで手続きができるようになっています。

税務代理権限証書や調査の終了の際の手続きに関する同意書は、原則として納税者の同意を得た後に税理士が税務署へ提出することとなります。

なお、税務調査終了後の結果通知については、同意書の提出がなくても税理士へ通知してもらうよう口頭で依頼することが可能です。事前通知や税務調査当日などに、税務署の調査官へ結果は税理士へ連絡してもらうよう口頭で伝えることで対応可能であることが、国税庁のホームページにも記載されています。

 

参照：国税庁「税務調査手続きに関するFAQ（一般納税者向け）」

https://www.nta.go.jp/information/other/data/h24/nozeikankyo/ippan02.htm

 

税務調査の対応を税理士へ依頼した方がよい理由

税務調査は納税者が自力で対応することもできますが、税理士へ依頼するメリットは大きいものです。以下の点を参考に、不安な場合は税務調査対応を税理士へ依頼してみましょう。

 

税法のプロが対応することで調査がスムーズに進められる

一般的な任意調査の場合、税務署の調査官から質問や指摘を受けることとなります。経営者にとって事業に関する質問には詳しく説明できても、税法上どのように対応するのが適正なのかはわからないケースがほとんどでしょう。

税務調査の対応に長けた税理士であれば、税務署がどの部分に注目しているのか、質問の意図などを汲んで回答することができます。要点を適切に伝えられるため、調査に手間取ることなく、スムーズに調査が進みやすくなります。

 

言いなりにならずに毅然と交渉ができる

税務調査では調査官に質問検査権があり、納税者には受忍義務という調査に協力する義務があります。税務調査で受ける質問や資料、書類の提出などには応じる必要がありますが、何でも税務署の言いなりにならなければいけない訳ではありません。

とはいえ、どこまでは応じるべきで、どこまで拒否できるのか線引きが難しいケースもあるでしょう。税法を理解している税理士が税務署との間に入って対応することで、否定や反論するべき点には、毅然と対応することが可能となります。

調査官は細かな点にも検査の目を向け、修正申告の必要がないかを確認するのが仕事です。交渉や説明が苦手な場合は、税理士に同席してもらうことで精神的な負担も軽くなるでしょう。

 

事前の準備期間にアドバイスがもらえる

事前通知の段階から税理士に対応を依頼できれば、日程調整から準備するべき帳簿や書類、指摘を受けそうな箇所の確認など、当日までにアドバイスをもらうことができます。申告書類も税理士が担当していれば、税務調査の際もより対応がしやすくなるでしょう。

 

必要以上に怖がることなく、安心して調査に臨むことができる

税務調査自体は納税者なら誰の元にも訪れる可能性があるものです。毎年期限を守り、適正な内容で申告や納税を行っている場合には、必要以上に怖がることはありません。

しかし、税務署側では事前の調査で、過少申告などを疑っているケースもあります。心当たりがなければ毅然としていればよいのですが、悪いことをしていなくても警察官と話す際に緊張することがあるように、税務調査で追及されると、うまく説明できずに困ってしまうケースもよく聞かれます。

「税務調査が入ると聞いてから仕事が手につかない」「何を聞かれるのか不安で眠れない」といった悩みを抱えそうな場合は、税理士へ同席してもらうことで安心して税務調査に臨みやすくなるでしょう。

 

税理士へ依頼することで追徴課税が軽くなるケースも

税務調査の対応実績が豊富な税理士へ依頼することで、修正申告や追徴課税の負担を軽くできるケースもあります。

税務調査で多数の非違事項（修正すべき事項）を指摘された場合、相手の言いなりになってすべてを認めると、過少申告加算税や無申告加算税などのペナルティが加算されることとなります。

税理士へ支払う報酬を節約して自身で対応した結果、本来納めるべき税金の何倍もの納税を余儀なくされることは避けたいところです。

税務調査対応に強い税理士なら、報酬以上のメリットが得られる場合もあります。不安な場合は一度相談してみることをおすすめします。

 

税務調査の対応依頼やご相談は税理士法人松本へ

税務調査が不安な場合に相談する税理士を探す際は、税務調査への対応実績が豊富な税理士事務所へ依頼するのがおすすめです。

税理士の中には、税務調査への対応経験が少ない場合や、対応が苦手な税理士もいます。税理士事務所によって強みが異なるため、税務調査の対応を希望するなら、対応実績がわかる税理士事務所を選ぶことが大切です。

税理士法人松本は、年間1,000件を超える税務調査の相談実績を誇る税務調査専門税理士法人です。国税OB・元税務署長の税理士が10名以上在籍しており、税務署の内部事情や税務調査には自信を持って対応いたします。

毎月1社限定で税務調査の無料相談も実施しており、税務署からの連絡が来た後や無申告状態の解消、顧問の税理士以外へのセカンドオピニオンにも対応しています。

全国どこからでも、フリーダイヤルまたは専用フォーム、LINEからもお問い合わせ可能ですので、お気軽にご連絡ください。

 

まとめ

多くの法人や個人事業主が税務調査を受ける場合、事前に通知のある任意調査であることが一般的です。任意調査では事前通知の後税務署の調査官から実地調査を受けて、後日結果について通知が送られてくると調査終了の流れとなります。

事前通知や調査後の結果通知などは、事前に「税務代理権限証書」や「調査の終了の際の手続きに関する同意書」を提出することとなっていますが、同意書の提出がなくても、口頭で税務署へ伝えることで税理士へ連絡がいくようにしてもらうことができます。

税務調査で税理士に同席してもらうことでさまざまなメリットが得られるため、不安や悩みを抱えている場合は、一度税務調査対応に強い税理士事務所の無料相談などを利用してみることをおすすめします。

 

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